Otra de las responsabilidades del administrador del sistema, es la actualización e instalación de nuevo software.
El desarrollo del sistema es rápido. Cada pocas semanas aparecen versiones nuevas del núcleo, y los demás programas se actualizan casi tan a menudo. Por esto, los usuarios nuevos de , sienten la necesidad de actualizar sus sistemas constantemente, para mantenerse, así, al rápido paso de los cambios. Esto es innecesario y una pérdida de tiempo: si estuvieras todo el tiempo siguiendo el ritmo de los cambios que ocurren en el mundo de GNU/Linux, se gastaría todo el tiempo actualizando y nada del tiempo usando el sistema.
Algunas personas consideran que se debería actualizar el sistema, solamente cuando una nueva distribución es mostrada al público; por ejemplo, cuando se presenta una nueva versión de Slackware. Entonces, muchos usuarios de , a la hora de actualizar sus sistemas, reinstalan todo el software, usando la distribución Slackware más nueva.
La mejor manera de actualizar el sistema, depende del tipo de distribución que se posea. Debian, S.u.S.E., Calderay Red Hat Linuxtienen, todos, gestores inteligentes de paquetes de software, los cuales permiten realizar las actualizaciones mucho más fácilmente, instalando paquetes nuevos. Por ejemplo, el compilador de C, gcc, viene en un paquete binario, pre-compilado. Cuando se instala, todos los ficheros de la versión antigua se sobreecriben o se eliminan.
Como casi siempre pasa, actualizar insensatamente para "mantenerse a la moda", no es importante en absoluto. ¡Esto no es MS-DOS o Microsoft Windows!. No existe ninguna razón importante, para usar la versión más reciente de todo el software. Ahora bien, si se siente que se quieren o necesitan características que una versión nueva ofrece, entonces hay que actualizar. Si no, no actualice. En otras palabras, actualizar sólo lo que se deba, cuando se deba. No actualizar sólo por actualizar. Esto consume mucho tiempo y esfuerzo.