YAST está también diseñado para ser utilizado después de la instalación para el mantenimiento rutinario del sistema. La multiplicidad de ficheros de recursos necesarios por para arrancar y funcionar pueden ser un desafío para los principiantes. YAST ofece un interfaz basado en menús para estos ficheros, incluyendo el fichero de configuración de sendmail, los ficheros de cron (Programacion de tareas), sripts de inicialización, y varios ficheros de la red. Los cambios realizados en una sesión YAST se escriben en los diversos ficheros de configuración ``reales'' por un script llamado suseconfig. Este script es ejecutado automáticamente por YAST al final de la sesión YAST; si /etc/rc.config es editado directamente, suseconfig debe ser iniciado manualmente. Esto parece un proceso complejo, pero es más fácil que buscar los ficheros individuales, aprender la sintaxis correcta necesaria para editarlos, y hacer que hagan lo que tú quieres.
Después de lograr tener funcionando S.u.S.E., es una buena idea instalar las fuentes del núcleo (disponibles en el CD-ROM, es un paquete opcional que puede instalarse durante la configuración inicial). S.u.S.E. instala un núcleo genérico, y normalmente sólo se necesitan unos cuantos de los módulos que lo acompañan. Es una excelente oportunidad para familiarizarse con la mecánica de la compilación del código fuente, de esta manera terminará con un núcleo más pequeño personalizado sólo con las características que necesite. El compilador gcc y las herramientas acompañantes deben instalarse para compilar un núcleo; estas herramientas son una necesidad en un sistema incluso si no se es programador. La revisión de dependencias de YAST ayudará a asegurarse de que todas las herramientas de compilación necesarias están instaladas.
La compilación del núcleo puede parecer difícil para un principiante, pero es un proceso fácil e intuitivo. Hay tres interfaces disponibles para el paso de configuración inicial. El primero (y más antiguo) es un script en modo consola invocado desde la línea de órdenes, make config. Este script pregunta una serie de cuestiones y usa los resultados para escribir un fichero que guía al compilador en su trabajo. Necesita saber dos hechos básicos acerca de su hardware como qué tipo de disco duro y CD-ROM tiene. Si quiere soporte de sonido, necesitará saber la IRQ que usa su tarjeta, así como unos pocos parámetros que pueden ser extraídos del manual de la tarjeta o de la salida de la utilidad de MS-DOS msd.
Los otros dos interfaces son menuconfig y xconfig. El primero emplea una versión modificada del programa dialog mencionado arriba, el cuál corre en una consola virtual o en un xterm y se asemeja a la herramienta YAST.xconfig es una versión basada en Tk diseñada para funcionar bajo X-Window. Las tres cumplen el mismo propósito. Las dos últimas permiten hacer las selecciones sin tener que escribir demasiado. Las fuentes del núcleo están bien documentadas. El fichero README en el directorio del nivel superior contiene suficiente información para garantizar una compilación exitosa.