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Tradicionalmente, la ciencia ha sido uno de los nichos de mercado más importantes del software libre. El científico entiende naturalmente la necesidad de compartir información para ayudar en el avance científico. La misma filosofía hacker que ha hecho avanzar el software libre es común dentro de la ciencia.
Podemos encontrar la primera definición clara de qué es software libre con la licencia GPL, desarrollada por Richard Stallman. Después de la infructuosa relación con el software propietario que sucedió al abandono del ITS -libre- por el laboratorio de inteligencia artificial del MIT, Richard Stallman dimitió de su posición y creó la FSF -Free Software Foundation- para difundir el software libre, tarea que comenzó con su célebre manifesto, y viene realizando desde entonces.
De cualquier modo, aunque Richard Stallman es el responsable de formalizar el concepto de software libre, de distinguirlo claramente del software gratuito y de haber sido uno de sus principales teóricos, no es el primer programador en desarrollar software libre. En el ámbito científico encontramos grandes proyectos colaborativos de desarrollo de software libre anteriores a RMS, como es el caso de GAMESS.
Sin embargo, últimamente el desarrollo de software libre científico se ha ralentizado. El estudio de este fenómeno es importante porque la existencia de software científico libre facilita que cualquier laboratorio del mundo pueda desarrollar ciencia libre usando este software como herramienta de trabajo.