### R code from vignette source 'adehabitatMA.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: adehabitatMA.Rnw:28-32 ################################################### oldopt <- options(width=80, warn=-1) .PngNo <- 0 wi <- 480 pt <- 20 ################################################### ### code chunk number 2: afig (eval = FALSE) ################################################### ## .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", ## .PngNo, ".png", sep="") ## png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) ################################################### ### code chunk number 3: zfig (eval = FALSE) ################################################### ## dev.null <- dev.off() ## cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 4: zfigg (eval = FALSE) ################################################### ## dev.null <- dev.off() ## cat("\\includegraphics[height=14cm,width=14cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 5: adehabitatMA.Rnw:103-104 ################################################### library(adehabitatMA) ################################################### ### code chunk number 6: adehabitatMA.Rnw:107-110 ################################################### suppressWarnings(RNGversion("3.5.0")) set.seed(13431) adeoptions(shortprint=TRUE) ################################################### ### code chunk number 7: adehabitatMA.Rnw:130-131 ################################################### data(lynxjura) ################################################### ### code chunk number 8: adehabitatMA.Rnw:143-144 ################################################### head(lynxjura$locs) ################################################### ### code chunk number 9: adehabitatMA.Rnw:151-152 ################################################### lynxjura$map ################################################### ### code chunk number 10: figu1 (eval = FALSE) ################################################### ## mimage(lynxjura$map) ################################################### ### code chunk number 11: adehabitatMA.Rnw:162-163 (eval = FALSE) ################################################### ## mimage(lynxjura$map) ################################################### ### code chunk number 12: adehabitatMA.Rnw:167-170 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) mimage(lynxjura$map) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 13: adehabitatMA.Rnw:187-188 (eval = FALSE) ################################################### ## explore(lynxjura$map) ################################################### ### code chunk number 14: adehabitatMA.Rnw:199-200 (eval = FALSE) ################################################### ## explore(lynxjura$map, panel.last=function() points(lynxjura$locs, pch=3)) ################################################### ### code chunk number 15: adehabitatMA.Rnw:210-211 ################################################### map <- lynxjura$map ################################################### ### code chunk number 16: sodssss (eval = FALSE) ################################################### ## hist(map) ################################################### ### code chunk number 17: adehabitatMA.Rnw:220-221 (eval = FALSE) ################################################### ## hist(map) ################################################### ### code chunk number 18: adehabitatMA.Rnw:225-228 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) hist(map) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 19: qsfddfdd (eval = FALSE) ################################################### ## forest <- map[,1] ## forest[[1]][forest[[1]]<95] <- NA ## image(forest, col="green") ################################################### ### code chunk number 20: adehabitatMA.Rnw:243-244 (eval = FALSE) ################################################### ## forest <- map[,1] ## forest[[1]][forest[[1]]<95] <- NA ## image(forest, col="green") ################################################### ### code chunk number 21: adehabitatMA.Rnw:249-252 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) forest <- map[,1] forest[[1]][forest[[1]]<95] <- NA image(forest, col="green") dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 22: ksdkksss (eval = FALSE) ################################################### ## lab <- labcon(forest) ## image(lab) ################################################### ### code chunk number 23: adehabitatMA.Rnw:266-267 (eval = FALSE) ################################################### ## lab <- labcon(forest) ## image(lab) ################################################### ### code chunk number 24: adehabitatMA.Rnw:271-274 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) lab <- labcon(forest) image(lab) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 25: adehabitatMA.Rnw:283-285 ################################################### lab max(lab[[1]]) ################################################### ### code chunk number 26: adehabitatMA.Rnw:291-292 ################################################### gridparameters(lab) ################################################### ### code chunk number 27: adehabitatMA.Rnw:297-298 ################################################### table(lab[[1]])*500*500 ################################################### ### code chunk number 28: adehabitatMA.Rnw:309-311 ################################################### fullgrid(lab) <- TRUE fullgrid(map) <- TRUE ################################################### ### code chunk number 29: adehabitatMA.Rnw:316-317 ################################################### mean(map[[2]][lab[[1]]==1], na.rm=TRUE) ################################################### ### code chunk number 30: sldsss (eval = FALSE) ################################################### ## comp1 <- map[2] ## comp1[[1]][map[[1]]<95] <- NA ## comp1[[1]][lab[[1]]!=1] <- NA ## image(comp1) ################################################### ### code chunk number 31: adehabitatMA.Rnw:330-331 (eval = FALSE) ################################################### ## comp1 <- map[2] ## comp1[[1]][map[[1]]<95] <- NA ## comp1[[1]][lab[[1]]!=1] <- NA ## image(comp1) ################################################### ### code chunk number 32: adehabitatMA.Rnw:335-338 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) comp1 <- map[2] comp1[[1]][map[[1]]<95] <- NA comp1[[1]][lab[[1]]!=1] <- NA image(comp1) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 33: skks (eval = FALSE) ################################################### ## image(forest, col="red") ################################################### ### code chunk number 34: adehabitatMA.Rnw:352-353 (eval = FALSE) ################################################### ## image(forest, col="red") ################################################### ### code chunk number 35: adehabitatMA.Rnw:357-360 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) image(forest, col="red") dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 36: adehabitatMA.Rnw:367-368 ################################################### con <- getcontour(forest) ################################################### ### code chunk number 37: ssskkkq (eval = FALSE) ################################################### ## plot(con, col="green") ################################################### ### code chunk number 38: adehabitatMA.Rnw:395-396 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(con, col="green") ################################################### ### code chunk number 39: adehabitatMA.Rnw:400-403 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) plot(con, col="green") dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 40: adehabitatMA.Rnw:426-428 ################################################### for1 <- morphology(forest, "dilate", nt=1) for1 ################################################### ### code chunk number 41: sdkskss (eval = FALSE) ################################################### ## image(for1, col="blue") ## image(forest, col="yellow", add=TRUE) ################################################### ### code chunk number 42: adehabitatMA.Rnw:440-441 (eval = FALSE) ################################################### ## image(for1, col="blue") ## image(forest, col="yellow", add=TRUE) ################################################### ### code chunk number 43: adehabitatMA.Rnw:445-448 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) image(for1, col="blue") image(forest, col="yellow", add=TRUE) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 44: skkssss (eval = FALSE) ################################################### ## plot(getcontour(for1), col="green") ################################################### ### code chunk number 45: adehabitatMA.Rnw:460-461 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(getcontour(for1), col="green") ################################################### ### code chunk number 46: adehabitatMA.Rnw:465-468 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) plot(getcontour(for1), col="green") dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 47: skdskdk (eval = FALSE) ################################################### ## map <- lynxjura$map ## mimage(map) ################################################### ### code chunk number 48: adehabitatMA.Rnw:492-493 (eval = FALSE) ################################################### ## map <- lynxjura$map ## mimage(map) ################################################### ### code chunk number 49: adehabitatMA.Rnw:497-500 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) map <- lynxjura$map mimage(map) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 50: adehabitatMA.Rnw:506-507 ################################################### gridparameters(map) ################################################### ### code chunk number 51: sssshhh (eval = FALSE) ################################################### ## mimage(lowres(map, 10)) ################################################### ### code chunk number 52: adehabitatMA.Rnw:520-521 (eval = FALSE) ################################################### ## mimage(lowres(map, 10)) ################################################### ### code chunk number 53: adehabitatMA.Rnw:525-528 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) mimage(lowres(map, 10)) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 54: sqkdksssq (eval = FALSE) ################################################### ## map[[1]] <- as.numeric(cut(map[[1]],3)) ## image(map, 1) ################################################### ### code chunk number 55: adehabitatMA.Rnw:543-544 (eval = FALSE) ################################################### ## map[[1]] <- as.numeric(cut(map[[1]],3)) ## image(map, 1) ################################################### ### code chunk number 56: adehabitatMA.Rnw:548-551 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) map[[1]] <- as.numeric(cut(map[[1]],3)) image(map, 1) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 57: sdskkkk (eval = FALSE) ################################################### ## image(lowres(map, 10, which.fac=1)) ################################################### ### code chunk number 58: adehabitatMA.Rnw:567-568 (eval = FALSE) ################################################### ## image(lowres(map, 10, which.fac=1)) ################################################### ### code chunk number 59: adehabitatMA.Rnw:572-575 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) image(lowres(map, 10, which.fac=1)) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 60: skssjdx (eval = FALSE) ################################################### ## image(forest, col="green") ## box() ################################################### ### code chunk number 61: adehabitatMA.Rnw:590-591 (eval = FALSE) ################################################### ## image(forest, col="green") ## box() ################################################### ### code chunk number 62: adehabitatMA.Rnw:595-598 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) image(forest, col="green") box() dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 63: adehabitatMA.Rnw:605-606 (eval = FALSE) ################################################### ## for2 <- subsetmap(forest) ################################################### ### code chunk number 64: adehabitatMA.Rnw:612-614 ################################################### for2 <- subsetmap(forest, xlim=c(850254.2, 878990.2), ylim=c(2128744, 2172175)) ################################################### ### code chunk number 65: skksks (eval = FALSE) ################################################### ## image(for2, col="green") ## box() ################################################### ### code chunk number 66: adehabitatMA.Rnw:622-623 (eval = FALSE) ################################################### ## image(for2, col="green") ## box() ################################################### ### code chunk number 67: adehabitatMA.Rnw:627-630 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) image(for2, col="green") box() dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 68: adehabitatMA.Rnw:666-671 ################################################### data(lynxjura) map <- lynxjura$map class(map) locs <- lynxjura$loc class(locs) ################################################### ### code chunk number 69: flkqskqfkjc (eval = FALSE) ################################################### ## image(map, 1) ## points(locs, pch=3) ################################################### ### code chunk number 70: adehabitatMA.Rnw:681-682 (eval = FALSE) ################################################### ## image(map, 1) ## points(locs, pch=3) ################################################### ### code chunk number 71: adehabitatMA.Rnw:686-689 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) image(map, 1) points(locs, pch=3) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 72: adehabitatMA.Rnw:695-696 ################################################### cp <- count.points(locs, map) ################################################### ### code chunk number 73: ssckcc (eval = FALSE) ################################################### ## image(cp) ################################################### ### code chunk number 74: adehabitatMA.Rnw:717-718 (eval = FALSE) ################################################### ## image(cp) ################################################### ### code chunk number 75: adehabitatMA.Rnw:722-725 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) image(cp) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 76: adehabitatMA.Rnw:738-739 ################################################### head(locs) ################################################### ### code chunk number 77: adehabitatMA.Rnw:749-751 ################################################### cpr <- count.points(locs[,"Type"], map) cpr ################################################### ### code chunk number 78: sdkkckck (eval = FALSE) ################################################### ## mimage(cpr) ################################################### ### code chunk number 79: adehabitatMA.Rnw:760-761 (eval = FALSE) ################################################### ## mimage(cpr) ################################################### ### code chunk number 80: adehabitatMA.Rnw:765-768 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) mimage(cpr) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=14cm,width=14cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 81: adehabitatMA.Rnw:782-783 ################################################### df <- join(locs, map) ################################################### ### code chunk number 82: adehabitatMA.Rnw:789-790 ################################################### head(df) ################################################### ### code chunk number 83: adehabitatMA.Rnw:809-811 ################################################### asc <- ascgen(locs, cellsize=5000) asc ################################################### ### code chunk number 84: llldcvdv (eval = FALSE) ################################################### ## image(asc) ################################################### ### code chunk number 85: adehabitatMA.Rnw:822-823 (eval = FALSE) ################################################### ## image(asc) ################################################### ### code chunk number 86: adehabitatMA.Rnw:827-830 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) image(asc) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 87: adehabitatMA.Rnw:843-844 ################################################### po <- locs[locs[["Type"]]=="O",] ################################################### ### code chunk number 88: sfjkfc (eval = FALSE) ################################################### ## image(buffer(po, map, 3000)) ################################################### ### code chunk number 89: adehabitatMA.Rnw:854-855 (eval = FALSE) ################################################### ## image(buffer(po, map, 3000)) ################################################### ### code chunk number 90: adehabitatMA.Rnw:859-862 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) image(buffer(po, map, 3000)) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 91: sdskwkl (eval = FALSE) ################################################### ## plot(con) ################################################### ### code chunk number 92: adehabitatMA.Rnw:873-874 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(con) ################################################### ### code chunk number 93: adehabitatMA.Rnw:878-881 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) plot(con) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 94: dfkwkfckj (eval = FALSE) ################################################### ## image(buffer(con, map, 3000)) ################################################### ### code chunk number 95: adehabitatMA.Rnw:892-893 (eval = FALSE) ################################################### ## image(buffer(con, map, 3000)) ################################################### ### code chunk number 96: adehabitatMA.Rnw:897-900 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) image(buffer(con, map, 3000)) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 97: qksdk (eval = FALSE) ################################################### ## sl <- as(con, "SpatialLines") ## image(buffer(sl, map, 500)) ################################################### ### code chunk number 98: adehabitatMA.Rnw:914-915 (eval = FALSE) ################################################### ## sl <- as(con, "SpatialLines") ## image(buffer(sl, map, 500)) ################################################### ### code chunk number 99: adehabitatMA.Rnw:919-922 ################################################### .PngNo <- .PngNo + 1; file <- paste("Fig-bitmap-", .PngNo, ".png", sep="") png(file=file, width = wi, height = wi, pointsize = pt) sl <- as(con, "SpatialLines") image(buffer(sl, map, 500)) dev.null <- dev.off() cat("\\includegraphics[height=7cm,width=7cm]{", file, "}\n\n", sep="") ################################################### ### code chunk number 100: adehabitatMA.Rnw:959-960 ################################################### options(oldopt)