### R code from vignette source 'MOB.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: setup ################################################### require("party") options(useFancyQuotes = FALSE) ################################################### ### code chunk number 2: MOB.Rnw:232-233 ################################################### library("party") ################################################### ### code chunk number 3: MOB.Rnw:238-239 ################################################### data("BostonHousing", package = "mlbench") ################################################### ### code chunk number 4: MOB.Rnw:253-255 ################################################### BostonHousing$lstat <- log(BostonHousing$lstat) BostonHousing$rm <- BostonHousing$rm^2 ################################################### ### code chunk number 5: MOB.Rnw:270-272 ################################################### BostonHousing$chas <- factor(BostonHousing$chas, levels = 0:1, labels = c("no", "yes")) BostonHousing$rad <- factor(BostonHousing$rad, ordered = TRUE) ################################################### ### code chunk number 6: MOB.Rnw:283-285 ################################################### ctrl <- mob_control(alpha = 0.05, bonferroni = TRUE, minsplit = 40, objfun = deviance, verbose = TRUE) ################################################### ### code chunk number 7: MOB.Rnw:298-300 ################################################### fmBH <- mob(medv ~ lstat + rm | zn + indus + chas + nox + age + dis + rad + tax + crim + b + ptratio, data = BostonHousing, control = ctrl, model = linearModel) ################################################### ### code chunk number 8: MOB.Rnw:309-310 ################################################### fmBH ################################################### ### code chunk number 9: MOB.Rnw:316-317 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(fmBH) ################################################### ### code chunk number 10: BostonHousing-plot ################################################### plot(fmBH) ################################################### ### code chunk number 11: MOB.Rnw:350-351 ################################################### coef(fmBH) ################################################### ### code chunk number 12: MOB.Rnw:357-358 ################################################### summary(fmBH, node = 7) ################################################### ### code chunk number 13: MOB.Rnw:365-366 ################################################### sctest(fmBH, node = 7) ################################################### ### code chunk number 14: MOB.Rnw:372-375 ################################################### mean(residuals(fmBH)^2) logLik(fmBH) AIC(fmBH) ################################################### ### code chunk number 15: MOB.Rnw:378-380 ################################################### nt <- NROW(coef(fmBH)) nk <- NCOL(coef(fmBH)) ################################################### ### code chunk number 16: MOB.Rnw:396-398 ################################################### data("PimaIndiansDiabetes2", package = "mlbench") PimaIndiansDiabetes <- na.omit(PimaIndiansDiabetes2[,-c(4, 5)]) ################################################### ### code chunk number 17: MOB.Rnw:418-420 ################################################### fmPID <- mob(diabetes ~ glucose | pregnant + pressure + mass + pedigree + age, data = PimaIndiansDiabetes, model = glinearModel, family = binomial()) ################################################### ### code chunk number 18: MOB.Rnw:425-426 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(fmPID) ################################################### ### code chunk number 19: PimaIndiansDiabetes-plot ################################################### plot(fmPID) ################################################### ### code chunk number 20: MOB.Rnw:460-462 ################################################### coef(fmPID) exp(coef(fmPID)[,2]) ################################################### ### code chunk number 21: MOB.Rnw:465-466 ################################################### risk <- round(100 * (exp(coef(fmPID)[,2])-1), digits = 1)