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SAMOS está diseñado como un sistema de dos capas (two-tier architecture): interfaz de usuario y cálculo. El interfaz de usuario, desarrollado en Tcl / Tk, proporciona acceso a las ventanas de control de los múltiples procesos de cálculo, ventanas de edición de datos, visualización de resultados y ayuda on- line. La capa de cálculo está desarrollada en FORTRAN 77, con el objetivo de reutilizar determinados módulos de software que se encuentran operando otros satélites desde hace tiempo y son, por tanto, muy fiables. Un módulo de comunicaciones, escrito en C, intercambia información (en particular, recibe telemetría) con el núcleo del centro de control, via RPC (Remote Procedure Call).
Las figuras 2, 3, 4 y 5 muestran varias ventanas del interfaz de usuario.
SAMOS está diseñado como un sistema altamente modular de manera que se permita la actualización de partes del sistema y la integración de nuevos módulos de cálculo, tanto durante la vida operativa de ARTEMIS como en potenciales adaptaciones a otras misiones.
SAMOS puede operar en tres entornos diferentes: Operacional, Simulación / Entrenamiento y Mantenimiento. Esto permite que por ejemplo se niegue el acceso a módulos de simulación desde el entorno operacional. Múltiples usuarios pueden utilizar el sistema simultáneamente, desde distintas máquinas gracias a XFree.
El sistema da soporte a toda la vida del satélite, en particular proporcionando funciones específicas para las siguientes fases:
Igualmente, SAMOS proporciona funciones genéricas de utilidad durante ambas fases: